论文降AI之后，正文中的脚注标记仍在，还要确认读者顺着标记找到的是正确注释。脚注、尾注可能承载补充解释、材料出处或用语限定；对应关系错了，正文表面上仍然可能十分顺畅。
这里提供一种不依赖特定Word菜单的整理方法：先从正文走到注释，再从注释回到正文。前一次确认“这句话的补充说明是什么”，后一次确认“这条说明现在附在了哪句话后面”。
注释放错位置，意思怎样变化
以下为编辑原创教学示例，不是论文原始材料或工具输出。正文先写“本文采用某词的狭义定义”，注释说明这个定义只用于某个章节。后来为了压缩段落，定义句被删掉，注释标记留在下一句“该方法适用于全部研究对象”后面。
注释内容没有改，却不再清楚限定哪个词。更好的处理是先确认论文是否仍需这个狭义定义：需要就恢复定义及其注释关系；不需要就重新整理相应解释，而不是随便把标记挪到最近一个句号。
另一个情况是注释解释某个历史名称，正文却已换成现代名称。作者应判断是否需要交代名称变化，而不是让读者自己猜两者是否同一概念。注释的价值在于补充理解，不在于编号齐全。
从改动最多的地方开始
优先检查三类位置：两句合成一句的地方，整段移动的地方，以及正文删减后留下的独立标记。先不用逐个调整注释字体，先把它们各自对应的正文读清楚。
可以在工作记录里只保留“正文关键词、注释要点、目前位置”三项。若注释来自文献，再保留能返回原始资料的位置；不要为凑记录编造页码。正式格式仍遵循学校或期刊要求。
检查时有一个实用判断：暂时不看注释，只读正文，会缺少哪一点理解？如果这条注释正好补足该信息，它的位置通常合理。如果完全不相关，则需要查看段落是否已经改变，或标记是否跟错了句子。
修改注释文字时，保留它的用途
作者自己写的补充说明也可能冗长。可以把“为什么放这条注释”用一句话写出来，再删掉与这个用途无关的背景。若注释承担的是原文摘引，就不能当成自由润色的说明句处理；若承担术语边界，就要保留边界条件。
不要把必要注释全部搬进正文，只为减少页面下方的文字。正文会因此变得拥挤，读者反而难以抓住论点。也不要为了显得简洁直接删去注释，而让正文失去定义或出处。
PaperMomo的功能介绍提供文本与Word处理方式。短段说明可以在确认引用关系后单独处理；长文可尝试文档模式，下载后再检查正文、注释和页面显示。产品强调尽量保留排版，仍应以实际文件为准。
最后按正文出现顺序走一遍，再单独浏览注释区，寻找没有明确落点的条目。若还需核对整份文档的文字差异，可以参照Word逐处比较方法。把注释放回它真正解释的句子旁，往往比反复调整字号更能改善论文的可读性。